多くの私立高校では、特進クラス、選抜クラス、普通クラスなどと学力に応じたクラス分けがあります。
これ自体はそれぞれの学力に合わせたカリキュラムやテストが用意されていて、良いことだと思います。

一方で、私立高校は大学への指定校推薦を持っています。
高校によりますが、多くの高校では特進クラスは指定校推薦の権利は無く
一般受験で偏差値の高い大学への複数合格を目指し、
主に普通クラスの多くの生徒が指定校推薦を利用するという構図になっています。
結果的に、特進クラスの生徒よりも普通クラスの生徒の方が偏差値の高い大学に進学するということもあります。

推測になりますが、高校側の考え方は、特進クラスの生徒に偏差値のより高い大学への合格実績を出してもらい、
一般受験は厳しい生徒に指定校推薦を利用してもらうことで、全体的な進学実績を高くするということだと思います。
しかしそれは学校の都合であって、生徒からすれば自分の進学したい大学に進学することの方が大事です。

私は特進クラスの生徒にも一般受験を目指すか指定校推薦を目指すかの選択肢を
普通クラスと同様に与えるべきだと思います。
大学側もより優秀な生徒に来てもらいたいと思ってるはずです。
それが本来の指定校推薦のあるべき姿のように思います。